Высшее военно-морское училище Министерства обороны Республики Казахстан создано в 2001 году в соответствии с Постановлением Правительства Республики Казахстан от 1 марта 2001 года № 314 в г. Актау на базе профессионально-технической школы № 2.

Постановлением Правительства Республики Казахстан от 10 июля 2003 года № 684 «О переименовании военных образовательных учреждений Министерства обороны Республики Казахстан» преобразовано в государственное учреждение «Военно-морской институт».

Свидетельство государственной регистрации № 4349/1943/ГУ от 20.10.2003 года выдан Управлением юстиции Мангистауской области Министерства юстиции Республики Казахстан.

Выпускники института предназначены для службы на кораблях и береговых частях Военно-морских сил и морских частей Пограничной службы КНБ Республики Казахстан, а также для работы на морских судах, судах внутреннего плавания и судах смешанного (река-море) плавания гражданского флота Республики Казахстан.

Военно-морской институт проводит подготовку военных специалистов по следующим специальностям:

1. по программе высшего профессионального образования:
- 051041 «Штурманская кораблей»;
- 051042 «Эксплуатация и ремонт корабельных радиотехнических средств»;
- 051043 «Эксплуатация и ремонт корабельных дизель-энергетических и дизель энергетических установок».

Государственные общеобязательные стандарты образования (ГОСО РК 3.07.459-2006), утверждены приказом Министра образования и науки Республики Казахстан «Об утверждении государственных общеобязательных стандартов высшего профессионального образования» от 19.04.2006 года № 200.
Срок обучения 5 лет, выпускнику присваивается воинское звание «лейтенант» и выдается диплом о высшем военно-морском профессиональном образовании по специальности соответствующего профиля с квалификацией «инженер».

2. по программе среднего профессионального образования:
- 4501002 «Кораблевождение и зрительная связь»;
- 4502002 «Корабельные средства связи;
- 4503002 «Корабельные двигатели внутреннего сгорания и электрооборудование».

Срок обучения 2 года, выпускнику присваивается воинское звание «старшина 2 статьи» и выдается диплом о среднем военно-морском профессиональном образовании по специальности соответствующего профиля и квалификацией «техник».