Начало университету положил созданный в 1899 году кораблестроительный отдел (позже — факультет) Политехнического института. По проекту института кораблестроительный отдел должен был выпускать морских инженеров, подготовленных как для постройки корпусов, так и механизмов судов, главным образом — коммерческих.

После начала работы кораблестроительного отделения конкурс на эту специальность был самым высоким в Политехническом Институте и оставался таковым в течение нескольких лет.

Комплект студентов на кораблестроительном факультете был установлен в 24 человека на каждом курсе. Первым деканом кораблестроительного факультета Политехнического института был назначен корабельный инженер Константин Петрович Боклевский, который занимал эту должность бессменно с 1899 по 1923 год.

После революции 1917 года Политехнический институт был расширен как по числу факультетов, так и слушателей. В 1930 году кораблестроительный отдел из него был выведен и развит в самостоятельный Ленинградский кораблестроительный институт (ЛКИ), с переводом из Сосновки в ближайшее соседство с бывшим заводом имени Марти (ныне: ФГУП «Адмиралтейские верфи»); ему было предоставлено обширное помещение на Лоцманской улице в доме № 3, которое ранее занимал Судопроект.

Тогда же комплект студентов на курсе вырос до нескольких сотен человек — в соответствии с ростом потребностей судостроения в стране.