Эта субмарина была одной из самых удачных лодок конструкции известного русского судостроителя Ивана Григорьевича Бубнова. К работе над "Миногой" он приступил еще во время русско-японской войны. Первоначальный проект лодки был рассмотрен и одобрен в Морском техническом комитете 20 сентября 1905 года. В ноябре того же года Балтийский завод обратился в Морское министерство с ходатайством о выдаче наряда на постройку лодки. Наряд был оформлен 9 февраля 1906 года. В том же месяце была заказана сталь для корпуса и была
начата разработка рабочих чертежей. Не ставя перед собой цели спроектировать серийную лодку, И.Г. Бубнов ввел в конструкцию "Миноги" несколько радикальных новшеств.

Существенным недостатком подводных лодок того времени было применение на них опасных в пожарном отношении бензиновых двигателей внутреннего сгорания взрывного типа. "Минога" же стала первой в мире субмариной с дизель-электрической установкой. Впервые в практике мирового кораблестроения на "Миноге" использовали концевые сферические переборки. Запас плавучести у нее был почти в три раза больше, чем у первой бубновской лодки "Дельфин". Хотя "Минога" и оставалась типично "бубновской" лодкой, она в то же время стала первой субмариной этого конструктора не с решетчатыми, а с более эффективными трубчатыми носовыми торпедными аппаратами и выносным пулеметом на ходовом мостике. Оригинальным у "Миноги", как и у всех лодок русского типа, было расположение цистерн главного балласта в оконечностях легкого корпуса, что позволяло значительно увеличить глубину погружения (см. рисунок). Эти цистерны заполнялись центробежными помпами. Внутри прочного корпуса находились две средние цистерны по 2 тонны, заполнявшиеся через отдельные кингстоны; имелись также две палубные цистерны, заполнявшиеся самотеком через шпигаты. При незаполненных палубных цистернах подводная лодка плавала в позиционном (тогда оно называлось полуподводным) положении, когда на поверхности оставалась только рубка. Средние и дифферентные цистерны продувались сжатым воздухом. Два трехцилиндровых четырехтактных двигателя Дизеля и гребной электромотор составляли с помощью фрикционных муфт одну линию вала с винтом регулируемого шага, лопасти которого устанавливались в соответствии с мощностью работающих двигателей. Для наблюдения в подводном положении были установлены перископ Герца и клептоскоп (панорамный перископ, позволяющий наблюдателю при осмотре горизонта оставаться на месте).

Следует отметить, что "Минога" была недостаточно мореходна. Недостатки были и у машинной установки лодки. На один и тот же гребной винт могли работать электродвигатель или кормовой дизель мощностью 120 л. с., или оба дизеля. Работа двигателей различной мощности на один гребной винт требовала устройства для изменения шага гребного винта. Привод этого устройства часто портился, что отражалось на скорости хода лодки. Несмотря на указанный недостаток в силовой установке, постройка "Миноги" убедительно доказала, что отечественные морские инженеры занимают одно из ведущих мест в мировом подводном кораблестроении и являются подлинными новаторами, смело ломающими установившиеся взгляды и традиции.

Во второй половине сентября 1906 года состоялась закладка подводной лодки. Постройка велась под непосредственным руководством И.Г. Бубнова. Фирме "Л. Нобель" в Санкт-Петербурге был выдан заказ на изготовление двух двигателей Дизеля морского типа, мощностью по 120 л.с. каждый. Главный электромотор был заказан заводу "Вольта" в Ревеле, аккумуляторная батарея - заводу "Травайль Электрик де Мэто" в Париже. Первый двигатель Дизеля был изготовлен в июле 1908 года, второй - в октябре того же года. Завод "Вольта" справился с изготовлением электромотора лишь в июне 1908 года. В ночь на 21 марта 1908 года пожаром была уничтожена готовая к установке аккумуляторная батарея. Спуск подводной лодки на воду состоялся 11 октября 1908 года (гидравлическое испытание прочного корпуса было произведено 23 октября 1907 года). 23 октября 1908 года "Минога" в первый раз выходила в Морской канал под одним из двигателей Дизеля (второй еще не был доставлен). 26 октября лодка была готова к началу испытаний, но, выйдя из дамб Морского канала, встретила сплошной лед и вынуждена была вернуться на завод, где 7 ноября, несмотря на сильные морозы, удалось произвести пробное погружение у причальной стенки. Во время испытаний выяснилась необходимость установки свинцового киля, т.к. необходимое количество балласта не удалось разместить в трюме подводной лодки. После установки киля в конце апреля 1909 года "Минога" выходила на предварительные пробеги в Морской канал под двигателями Дизеля. В начале июля лодка ушла в Бьерке на заводские испытания, которые продолжались около двух месяцев. По окончании испытаний был сменен гребной винт и в конце сентября лодка ушла на торпедные стрельбы. В октябре были произведены приемные испытания и 31 октября Морской технический комитет рекомендовал принять "Миногу" в казну.

Столь долгий срок постройки лодки был обусловлен отнюдь не промышленной отсталостью России, а происками закордонных недругов России. За рубежом пристально следили за работой русских судостроителей и всеми способами старались помешать постройке подводного корабля. Особенную тревогу вызывало успешное применение на "Миноге" новых двигателей – дизелей. Во время монтажа механизмов на подводной лодке рабочие не раз находили в них битое стекло, песок и металлические опилки, подсыпанные вражеской рукой в расчете на неизбежную аварию. Но бдительность корабелов предотвращала катастрофу. Перед самым выходом "Миноги" в первое плавание 9 октября 1909 года в подшипниках силовой установки заметили наждак. Как сообщалось в донесении, "наждак был насыпан через трубы масленок весьма тщательно, так что наружных следов не было видно".

Первым командиром подводной лодки "Минога" был лейтенант А.В. Бровцын. Осенью 1912 года командиром подводной лодки был назначен лейтенант А.Н. Гарсоев, командовавший до этого подводной лодкой "Почтовый". По ходатайству Гарсоева команда "Миноги" была заменена командой подводной лодки "Почтовый", к которой Гарсоев привык и с которой хорошо сработался. Новая подводная лодка в ремонте не нуждалась и команда больше отдыхала, нежели изучала подводную лодку; сверхсрочнослужащие полностью полагались на свой опыт подводного плавания, приобретенный на других подводных лодках.

23 марта 1913 г. "Минога" вышла из Либавы в практическое плавание. При отходе от пирса задним ходом подводная лодка ударилась об угольную баржу и потеряла укрепленный на ахтерштевне золоченый орел. Около 4-х часов дня командир приказал боцману Гордееву передать конвоирующему судну по семафору о своем намерении погрузиться. Боцман, передав сигнал, свернул семафорные флажки и засунул их под настил мостика рубки, причем флажки попали в открытый клапан шахты судовой вентиляции.

При подготовке лодки к погружению не обратили внимания на то, что клапан вентиляции не закрылся (мешали флажки), вода начала поступать по трубе вентиляции в машинное отделение и лодка затонула. Она легла на грунт на глубине 30 метров. Продуть главный балласт командир запоздал. Он приказал отдать спасательный буй. Буй всплыл, к нему подошла шлюпка с конвоира, но никто не знал, как пользоваться телефоном, и связь установили только после изучения инструкции. После получения известия, что лодка всплыть не может, конвоир отправился с тревожными гудками в гавань.

Трубу вентиляции разрубили, после чего попытались забить ее - пошел в ход китель командира, одежда и белье команды, но полностью прекратить поступление воды не удалось. Гарсоев принял решение продуть кормовую балластную цистерну, что и было выполнено. Облегченная корма поднялась, на поверхности моря стал виден кормовой флаг. Вода залила аккумуляторы, размещенные в носовой части лодки и выделение хлора из аккумуляторов уменьшилось.

На место аварии прибыли подъемный кран, килектор, буксиры с водолазами. Особо отличился при спасательных работах мичман К.Ф. Терлецкий. Водолазы завели стропы под корму лодки; около часу ночи корма лодки была поднята и на поверхности воды оказался кормовой входной люк. Через открытый мичманом Терлецким люк люди были эвакуированы из лодки и отправлены в госпиталь.Боцман Гордеев оказался в рубке и вышел оттуда около 5 часов утра, когда лодка была поднята выше и можно было открыть рубочный люк - его состояние оказалось лучше, чем у остальной команды. После откачки воды "Минога" была отбуксирована в порт и восстановлена.

"Минога" до первой мировой войны считалась одной из лучших по боевой подготовке на Балтике. Так, в 1912 году она заняла второе место на торпедных стрельбах, добившись 8 попаданий из 20 выпущенных торпед. Лодка успешно участвовала в боевых действиях подводных сил Балтийского моря во время первой мировой войны, совершила 14 боевых выходов, несколько раз пыталась атаковать неприятельские
корабли (см. рисунок). Ее экипаж особенно отличился при обороне Рижского залива в 1915 и 1917 годах, проявив при исполнении воинского долга подлинные мужество, отвагу и находчивость.

В 1918 г. после ремонта на Балтийском заводе "Минога" была перевезена по железной дороге в Саратов, откуда своим ходом дошла до Астрахани, принимала участие в гражданской войне. 10 ноября 1918 г. перечислена в состав Военного флота Астраханского края (ВФ АК), с 31 июня 1919 года входила в состав Волжско-Каспийской военной флотилии и с 5 июля 1920 года - в Морские силы Каспийского моря. 21 ноября 1925 года сдана в ОФИ для разборки на металл.